1989年1月3日，连云港港务局和康华连云港开发公司联合向连云港市政府递交报告，请求市政府向交通部建议在连云港组建海洋运输船队。
　　1989年月7日，交通部批复连云港市人民政府同意组建“连云港远洋运输公司”，连云港市人民政府于7月18日转发了交通部意见，连云港 远洋运输公司在连云港经济技术开发区注册登记。
　　1989年8月8日，公司向中远总公司发出关于协商归属中国远洋运输总公司领导的函，并于8月31日向中康总公司发出“关于请求将我公司归属中国远洋运输总公司的请示”。9月9日，中国远洋运输总公司发来关于接收康华连云港开发公司及理顺中远在连云港各公司关系的会议纪要。10月10日，公司收到交通部发出的“关于同意将康华连云港开发公司划归中国远洋运输总公司的批复”。
　　1991年3月5日，中远公司发来《关于转发交通部〈关于调整连云港远洋船务企业公司机构编制、经营范围的批复〉的通知》，指示将原康华连云港开发公司划归连云港远洋船务企业公司，经营范围也有所调整。
　　1992年2月27日，公司首次被命名为“重合同守信用”企业。
　　11月21日，交通部、总公司同意将连云港远洋船务公司更名为连云港远洋运输公司。12月2日，公司申请参加了中远（集团），接受集团核心企业中远运输总公司代表集团的统一领导和管理。
　　12月28日，公司设立远洋机电公司，直属连云港远洋运输公司，主管海船和陆地机电电子工程设计、机电电子和办公自动化设备、配件的销售、安装和组装。12月20日，公司在大丰县联运公司内设立连云港远洋国际货运公司盐阜货运部。
　　1993年2月2日，公司成立远洋电脑公司，主营计算机软件的开发应用和硬件配套服务，兼营办公自动化的开发应用等。3月，电脑公司被评为新亚欧大陆桥首列试运货贷工作先进单位，同月17日，公司被总公司评为中远系统保密工作先进单位。3月26日，公司成立远洋实业公司。
　　4月27日，公司成立了连云港远洋运输公司供应经贸部，5月5日，公司成立连云港远洋运输公司法律事务所。
　　1994年1月3日，公司成立连云港远洋汽车运输公司。1月15日，公司将原连云港远洋机电公司更名为“连云港远洋船舶航修站”。
　　1993年，公司接入了昌平轮、原广州远洋运输公司的“桂阳”轮、原天津远洋运输公司的“庄云”轮并正式投入了运营，12月30日，“昌平”轮被评为中远系统一九九二年度两个文明建设先进船舶，受到总公司的表彰。
　　6月8日，公司与连云港市经委下属的洋联货贷公司、广州港务局签定的联合营运、开通连云港至广州的南北航线轮协议举行首航仪式，开辟了我国国内沿海第二条杂货班轮航线。
　　8月13日，连云港远洋流体装卸设备有限公司成立，主要经营流体装卸设备、港口、码头及石化设备、阀门、膨胀节、金属软管、自动化控制系统的设计、制造、销售及工程安装。
　　1996年3月28日，连云港远洋通导公司正式挂牌成立并举行开业典礼。4月27日，中远在广州召开“2·17会议”，会上宣布了连云港远洋运输公司整建制划归青远管理，保持级别、名称、独立经营不变，公司所属的桂阳轮、阳城轮、丰台山轮、庄云轮、延庆轮、昌平轮、方城轮及船员一起划归青远。
　　2001年4月3日，青远同意连云港远洋航修站变更为连云港远洋船舶航修厂并注册为法人单位。
　　2003年，公司租入汇平、汇安两艘船并投入运营，掀开了连远航运事业新的一页。
　　2002年12月24日，青远杨奇云总经理与人事部部长张风铎、企划部总经理单继强一行来我公司宣布连远班子成员变动情况，于吉阳书记调回青远任纪委副书记兼监督部总经理，连远邢祚忠任总经理兼党委书记，李玉柱任党委副书记兼纪委书记，林伟宝任副总经理兼工会主席。
　　2004年12月31日，连远新一届领导班子成立，邢祚忠任总经理兼党委书记，王蕾任副总经理兼财务总监，郭明任副总经理，营黎明任总经理助理，林伟宝任纪委书记兼工会主席。
　　2005年3月25日，连云港远洋流体新厂房建设项目在海州开发区举行开工庆典仪式。
　　2005年4月7日，远洋宾馆装修完毕，正式投入营业。
　　2006年4月9日，连云港远洋流体装卸设备有限公司在海州开发区新厂区举行了盛大的乔迁庆典，庆典仪式由青岛远洋投资有限公司总经理赵德瑞主持。莅临庆典的嘉宾有来自各级政府、各企业、全国各地客户代表、连云港市各媒体代表及流体公司分布国内各地合作伙伴的领导和负责人。连云港市人大副主任朱泰曾、连云港市政府副市长施炎、连云港市海州区书记徐以广、区长滕雯、青岛远洋运输公司副总经理宋军、罗建华、连云港远洋运输公司总经理兼党委书记邢祚忠；海州区委宣传部、海州开发区管委会、青岛远洋投资发展有限公司、驻青远洋系统有关单位、连云港远洋运输公司、驻连远洋系统有关单位以及其他各有关行业的领导和代表也出席了庆典。中远船务工程有限公司总经理王兴如、青岛远洋运输公司总经理办公室主任潘东光发来贺电并送花篮表示庆贺。